Salah ha giocato per il Basilea nella partita di UEFA Europa League nel marzo 2013 in trasferta contro lo Zenit San Pietroburgo.
Il club svizzero della Super League Basilea aveva monitorato Salah per qualche tempo, quindi dopo la sospensione della Premier League egiziana, il club ha organizzato una partita amichevole con la nazionale egiziana U23. La partita si è svolta il 16 marzo allo stadio Rankhof di Basilea, e anche se ha giocato solo nel secondo tempo, Salah ha segnato due gol e ha aiutato gli egiziani a vincere 4-3. Il Basilea ha quindi invitato Salah a rimanere al campo di allenamento della squadra per una settimana. Il 10 aprile 2012, è stato annunciato che Salah aveva firmato un contratto quadriennale con il Basilea, che è iniziato il 15 giugno 2012. Inizialmente, ha faticato ad adattarsi perché non parlava la lingua ed è stato firmato come sostituto di Xherdan Shaqiri. Salah ha segnato il suo primo gol al suo debutto non ufficiale il 23 giugno 2012, contro la Steaua Bucarest durante una partita amichevole, che si è conclusa con una sconfitta per 4-2. Il suo debutto ufficiale a Basilea è arrivato in una partita di pre-qualificazione in UEFA Champions League contro il club norvegese Molde l ‘8 agosto, quando è entrato come sostituto al 74’. Ha fatto il suo debutto in campionato il 12 agosto contro il Thun, dove ha giocato l’intera partita.
Una settimana dopo, ha segnato il suo primo gol in campionato, il secondo gol nella vittoria casalinga per 2-0 contro il Losanna-Sport. Salah ha segnato il suo primo gol in UEFA Europa League nei quarti di finale l ‘ 11 aprile 2013, mentre il Basilea ha raggiunto le semifinali con una vittoria ai calci di rigore per 4-1 sul Tottenham Hotspur dopo un punteggio complessivo di 4-4. Nella semifinale del 2 maggio, Salah ha segnato un gol in trasferta contro il Chelsea, anche se il Basilea è stato battuto con un punteggio complessivo di 5-2. Nonostante la delusione in Europa, il Basilea ha vinto il titolo della Super League svizzera nel 2012-13 e si è classificato secondo in Coppa Svizzera.
Prima della stagione 2013-14 della Super League svizzera, Salah è stato un membro della squadra di Basilea che ha vinto l’Uhrencup 2013. Salah ha fatto la sua prima apparizione in campionato contro l’Aarau il 13 luglio 2013. Un mese dopo, ha segnato il suo primo gol in Champions League contro il Maccabi Tel Aviv nel terzo turno di qualificazione. Salah è stato coinvolto in una grande controversia dopo la partita, apparentemente evitando di stringere la mano ai giocatori del club israeliano in entrambe le partite. Ha segnato due gol contro i campioni bulgari del PFC Ludogorets Razgrad nel turno di playoff. Il 18 settembre 2013, Salah ha segnato il gol del pareggio contro il Chelsea nella vittoria per 2-1 in trasferta nella fase a gironi. Nella gara di ritorno del 26 novembre a St. Jakob-Park, Salah ha segnato il gol della vittoria mentre il Basilea ha battuto il Chelsea per la seconda volta con una vittoria casalinga per 1-0. Tuttavia, non ha potuto impedire al Basilea di essere eliminato nella fase a gironi. A livello nazionale, Salah ha continuato la sua performance. Con 4 gol in 18 partite, tra cui una doppietta contro i contendenti al titolo Young Boys, ha aiutato il Basilea a vincere il suo quinto titolo consecutivo.
Il 23 gennaio 2014 è stato annunciato che Salah avrebbe lasciato il Basilea. Durante il suo periodo al club, Salah ha giocato un totale di 95 partite per il Basilea e ha segnato un totale di 21 gol. Di questi, 47 erano in Super League svizzera, sei in Coppa Svizzera, 26 in competizioni UEFA (Champions League ed Europa League) e 16 erano partite amichevoli. Ha segnato nove gol nel campionato nazionale, quattro in coppa, sette nelle partite di Coppa Europa, e gli altri sono stati segnati durante le partite di prova.
2014: Ingresso in prima squadra
Il 23 gennaio 2014, il club di Premier League Chelsea ha annunciato che era stato concordato un accordo con il Basilea per firmare Salah per una commissione di circa £11 milioni. Tre giorni dopo, il trasferimento è stato completato, rendendolo il primo egiziano a firmare per il club londinese. Il Liverpool aveva mostrato interesse per Salah e fatto un’offerta di £11 milioni, ma sono stati battuti a sua firma dal Chelsea. L ‘ 8 febbraio, Salah ha fatto il suo debutto per il Chelsea in Premier League, entrando come sostituto nella vittoria per 3-0 contro il Newcastle United. Sette partite dopo, il 22 marzo, Salah ha segnato il suo primo gol per il Chelsea contro l’Arsenal nel derby di Londra, venendo come sostituto di Oscar in una partita che si è conclusa con una vittoria casalinga per 6-0. Poi, il 5 aprile, Salah ha aperto le marcature e in seguito ha vinto un rigore e ha assistito al terzo gol nella vittoria 3-0 del Chelsea sullo Stoke City.